泉州与台湾一衣带水。南宋乾道年间（1165～1173年），泉州知州汪大猷亲临澎湖视察，建造兵营，留屯水军。划澎湖属泉州晋江县管辖，有争讼者，决予晋江县署。
　　元至元八年至三十一年（1271～1294年）间，设置澎湖巡检司，管辖台湾、澎湖等岛屿，隶属泉州路同安县，屡次派员到台湾进行宣抚。明洪武二十年（1387年），撤澎湖巡检司。但官兵仍经常巡哨台、澎。嘉靖四十二年（1563年），林道乾据台湾海滨地区扰民，都督俞大猷率兵击之。同年明朝廷复置澎湖巡检司，仍属泉州府。嗣后再度裁撤。万历二十五年（1597年），增设游兵，春冬汛守澎湖。设游击将军、总兵各1员，辖4哨所、20艘乌船、800多名官兵。纳入泉州军事防御体系，春汛军粮由泉州支给。
　　明天启四年（1624年），颜思齐（海澄人）、郑芝龙（南安人）率众屯垦台湾。颜去世后，郑继任首领，建立以台湾北港（今笨港）为中心的根据地。崇祯元年（1628年），郑芝龙归顺明朝。时值福建饥荒，郑氏在福建巡抚熊文灿支持下，招集沿海饥民数万，东渡台湾西部垦荒。崇祯六年九月，郑氏率部担任明军前锋，在台湾海峡西部与荷兰殖民者进行海战，获得大捷。
　　清顺治十八年（1661年）三月，郑芝龙之子郑成功率军从金门料罗湾出发，东征台湾。于翌年十二月取得驱荷复台的巨大胜利，建立明郑地方政权。随郑成功道批入台的2.5万人多为泉、漳籍官兵。嗣后，因“迁界”有不少沿海居民东渡台湾。康熙二十二年（1683年），福建水师提督晋江人施琅奉旨平台，郑成功的孙子郑克塽率众降清。翌年，清朝设立台湾府，台湾与泉州的行政隶属关系终结。但仍有不少泉州人先后入台在政府机构和军队中任职。
　　施琅率军平台后，泉、漳人纷纷移居台湾。经不断移民、繁衍，至清光绪十九年（1893年），台湾汉族人口增至254.5万余人（据《台湾通志·人口篇》）。至1986年，台湾1900多万人口中，祖籍泉州的估计达850多万人。
　　清道光二十年（1840年）起，英国、法国多次派兵觊觎台湾。泉籍台胞从人力和物力上大力支援官兵，并组织义勇与官军协同作战，击退来犯之敌。甲午战争后，台湾割让给日本，泉籍台胞又与其他台胞坚持三年多的反割台斗争。其后又坚持抗日斗争，直至抗战胜利，台湾回归祖国。
　　移居台湾的泉州人，带去先进的农业、渔业、手工业、建筑技术和科学文化，积极参与台湾的开发建设。地缘和血缘关系的密切，形成泉台两地人民语言相通、习俗相近，文化、经济交往频繁的独特关系。
　　新中国成立后，台湾海峡两岸出现暂时的对峙局面。海峡隔不断泉台两岸关系，更隔不断台湾同胞的思乡之情，台湾各地的泉人纷纷成立同乡、宗亲社团，以互助互济，加强同国外乡亲和家乡的联系。1979年元旦，全国人民代表大会常务委员会发布《告台湾同胞书》及1981年以来中国领导人提出“一国两制”、和平统一台湾的构想后，经两岸人民共同努力，泉台两地交往不断增多，出现了台湾同胞返乡寻根谒祖热潮。他们积极参与泉州的各项建设事业，谱写了泉台关系史新篇章。