宋神宗元丰六年（公元1083年），僧人陈普足驻锡蓬莱张岩。由众集资构庵长居。因石泉清冽，更名“清水岩”。蓬莱富绅刘公锐，将张岩山林田地悉数充作寺业。 宋徽宗建中靖国九年（公元1109年），普足圆寂。蓬莱人刻沉香木雕像供奉，即今之“铁面祖师”。海内外分灵，均以“黑面祖师”塑模崇拜。在台湾则作为180万祖籍安溪人的守护神，在台各清水岩分灵寺宫均为安溪人交流乡情、团结互助之聚会处所。 宋端宗景炎二年（公元1277年），清水岩发生火灾，由僧人一果，头陀崇远于延佑二年（公元1317年）在原基修建。历元人统治，岩久倾废，仅存佛殿一座，僧屋三间。明世宗嘉靖四十三年（公元1564年）泉州开元寺僧正隆入岩主事，经营二十四年之久。正隆之后由其徒二轩派日恩、昙勋等僧人接管。由于开元寺僧人内部派别争斗，清水岩僧人分东西楼二派。 清康熙十年（公元1671年），岩宇破旧待修，主持僧人拟出动募捐，为县令谢宸荃所抵制。乾隆二十六年（公元1761年）泉州开元寺两派住持僧满林，泽峰合作募捐修寺，但东楼派，西轩派之争仍绵绵不息。同治十年（公元1871年）由受戒天柱岩之凤山寺智慧（俗称锅公）转持清水岩，整顿僧务，修葺大殿、释迦楼、东西楼、昊天口、观音楼，收录徒子徒孙七十余人，分支计十一处。智慧园寂，由其徒孙妙云住持。民国三十年（公元1941年）僧人礼钵由清风洞转而住持清水岩，四出募捐，得到诸多侨胞资助，将岩宇修葺一新，大略为今岩寺之形态。 安溪清水岩供奉之菩萨神祗，随历史变迁，佛道合注，迷信加剧而趋芜杂。 清水岩依次为一层昊天口，东阁供善才、良女；西阁供檀樾主刘公锐，1982年正面塑有弥勒。二层祖师殿，狮喉石壁阴刻“佛”字，前塑坐态盘足如来佛，左右为阿兰，迦叶，前列清水祖师正付身佛像三尊。左龛供伽南、雷公、土地；右龛供普庵，达摩。东厅供城隍，地藏王，注生娘；西厅供阎罗王，文武判官、八爷、九爷。三层供释迦牟尼，四天王，韦驮，坚坒。 于岩寺之外而在岩寺界内，供奉的有“护界官”之相貌凶恶、头角峥嵘的顺风耳、千里眼；“三忠庙”的张巡、许远、岳飞、关羽。 安溪清水岩之僧人可考为据者，陈普足以下，有北宋以仰伏莲须弥座的石构塔式杨道墓，明代“西竺真隐”墓，集葬众僧之“普同”灰塔，宣统元年（公元1909年）之“智慧”塔等，智慧之后归其徒孙妙云住持，后转礼钵。礼钵之时有僧徒谢音润、谢连珠等十余人。礼钵于解放后参加社会学习班，遭斗争，1957年园寂。僧徒先后还俗。1981年谢连珠再度上山入岩事佛。 安溪清水岩之经谶，按其礼佛制度，一日三次诵念《金刚经》、《弥陀经》、《观音经》，下山作佛事，做功德，则加诵《隆皇谶》、《水谶》等。 清水岩之碑刻墓塔，具有一定文物价值。举其要者，大致为：①岩图浮雕碑，刻载宋代建设清水岩之规模，并附建筑物之尺寸，为国内少见之碑刻。②真空塔，俗称祖师墓，建于（公元1109年）。③佛国碑，在彭格道旁，为清水岩佛教性质之明证。④出水石：俗讹传出米石，并编有寺僧贪财之故事。⑤方鉴塘清珠廉石刻，万历二十七年（公元1594年）建茶亭即觉亭。⑥“六老同游”记载明神宗二十六年（公元1598年）刑部尚书、安溪开先县令之后裔、泉州东塔建设要人詹仰庇并其他高级官员瞻仰清水岩事。 清水岩绕境迎神活动情况：迷信俗例，元月初一“做大衙”，由三庵堂（即顶庵堂今之岭南、岭尾、岭东三村；中庵堂今之蓬溪、蓬新、联盟、联中四村；尾庵堂，今之美滨、鹤前、汤内、土桥四村）代表拈阄“旗头旗手”、“都会铳”、“装春官”，各分其一。“大旗”规定某站属某姓，越雷池一步，小则引起争端，大则聚群械斗。“装春官”属遇有纠纷，主持排解。“都会铳”为鸣铳助热闹，壮声势。“开香”大约在正月七、八、九日，于先一年卜定。开香日“佛头厝”张灯结彩，举行大宴，宰猪数百至千头，鸭鱼之属不计其数，浪费铺张严重。在迎祖师绕境之三日内，有“套宋江”、“昭君阵”、“装阁旦”、“南北管”、“弄狮”等民间娱乐活动。第四天，至洋中亭，“散香”，花费之巨，穷户叹苦而不敢有怨言。 抗战期间，为厉行节约救国，对此陋习予以一定改革，迎神改为迎春，不抬祖师绕境，“大旗”书写抗日标语口号，肃静回避二牌改写“一元来复，迎春康乐”，并制止大办酒席，以文艺活动形式代替迎神赛会。 近年来，绕境活动有旧态复萌之势，党政部门已予疏导。 清水岩传说的迷信灰尘：关于安溪清水岩的民间传说颇多，细节皆有牴牾，但都蒙上封建迷信之灰尘而不登大雅之堂。诸如“祈雨”、“采茄”、“收四大元帅”、“得道化身”、“捉妖”、“绑票”、“请风”等等，不一而足。迷信男女信之，辗转相传。 综上所述，安溪清水岩是佛教岩寺，但注入道教内容，并有一些封建迷信成份。其分灵之宗教归属可作其宗教性质之佐证。台湾有安溪清水岩分灵九十八处，向台湾当局登记为佛教的有台湾三大寺庙之一的台北市艋舺祖师庙，基隆市的福岩寺，台北县的长福岩、保安庙、平安宫、龙岩宫、永福宫、清水岩，南投县的云天宫、云林县的保清宫、台南市的清水岩、龙山寺，台南县的清水寺，花莲市的清水岩、高雄县的三清殿等15处。登记为道教的有基隆市清水岩，草滥清水岩、祖师庙，台北市万庆岩，台北县长福岩、岐门岩、宝宁宫、桃园县福山寺、福隆宫，台中县龙泉宫、南投县庆福寺、永安宫、天隆宫，彰化市长安宫，彰化县龙凤山寺、清祖寺、吕山寺、新兴宫、清龙宫、清修岩，云林县安泰寺、泰安寺，嘉义市清水寺，嘉义县奉天宫、福安宫，台南县清水坛、祖师公坛、庆济宫、清水寺（玉井）、清水寺（新化）、清水宫（新化）、清水宫（新市社内）、灵昭宫、清水宫（新市港墘），龙泉宫、清水殿、金山岩、山师吉宫、广济宫、狮管坛、清安堂、福安堂、福安寺、永安宫、清水宫（南化）、圣德坛、六双公厝、清水寺（南化）、清水宫（归仁南保）、清水宫（归仁辜厝）、祖师庙、福泽寺、震兴宫、台南市祖师公庙、清水寺（公亲寮），高雄市清水宫、万兴宫、祖师寺、文化院，高雄县清福寺、福清宫、清水宫（仁武）、清龙祠、清水宫（冈山）、碧云宫、清水寺、清水宫（美浓）、三龙宫，屏东县建安宫、清水寺、清水佛寺、玉水宫、北院庙、佛山寺、清云寺，宜兰市光明寺，宜兰县宝山寺、永安寺，澎湖县祖师宫、祖师庙等八十三处。