惠安教会办的学校，先后有十一所小学，一所中学。至一九五一年三月登记接受外资津贴的教会学校时，小学七所学生近二千人，中学一所学生约三百人。 一八六五年基督教传入惠安，一八六九年设立惠邑教会，传道余传书同时在教堂内设立学塾，课程与一般私塾有相同的《三字经》、《四书》，有不同的《圣经》、《算术》、《格致》（自然常识），有时也教英文。招收教徒子弟入学，并选优介绍到外地教会书院深造或洋行工作，培养人才，扩大传教影响。教会办学校在于传教。初期一般是教会与学校合一，教堂与学校兼用，传道与教师兼任，互为促进。随着事业发展，渐渐有专用校舍和专职教师，学生也有非教徒子女。学塾在潘敦仁任内进一步改良扩展。一九○八年学塾改称私立时化小学，教堂与校舍分开，培元中学首届毕业生潘清白为校长，选聘教师有赵蓄五（又名庄国章，北京人）任国语，贺新春（秀才）任汉文，以及培元各届毕业生如黄清洁等任数学和自然常识之类的科目，校誉日高，学生益增。著名原子能专家张文裕就是一九二三年毕业于该校的校友；第二次国内革命战争时期惠安地下党领导骨干陈平山也是该校校友，于一九二五年冬离校前往广州投考进黄埔军校。 时化小学校址在城隍口，即现在实验幼儿园和螺城镇干部宿舍。一九一五年福建国税厅筹备处曾给本县教会契单一纸，原文是：“今据本国耶稣教会于民国四年九月×日买受惠安县登庸铺林拱等公共厝地一所，坐落惠安县城隍口照墙后，地方东至礼拜堂壁，南至巷，西至照墙，北至路。横七丈二尺，直五丈六尺。经中证林呈甫等议定契价四百五十元，遵章依限纳税廿七元。民国四年十一月四日给。 时化小学学制最初是初小四年，高小三年，后来改为四二制。学制、教法，设备，多半照搬英国的。先后来惠安办学的英国人有万多马、和安仁及其妹二姑娘等。至一九三五年成立由基督教惠安区会、惠邑堂会、社会人士和校友代表组成的时化小学校董会，李其山任主席，办理立案。从此学校经费主要由校董会自筹。立案后，圣经不作必读课程，礼拜日不硬性规定学生做礼拜。学生较过去有所增多，经常在校达二百人左右。 一九四八年秋，校董会发动增办时化初级中学，陈实为校长。一九四九年“四·一南京惨案”，激起全国学生和工农群众愤怒，纷纷响应声援南京学生爱国行动，时化中学学生自治会配合惠安中学、立达中学学生上街游行，声势浩大，震荡全县，影响全省。 解放后，时化小学于一九五一年三月由人民政府登记接办为公立，更名为城厢小学，学生二百多人，校长戴金城。一九五三年与城北小学、城关中心小学（前县立小学）三校合并为惠安实验小学。时化初级中学于一九五四年与立达中学合并为惠安第三中学。 城北小学前身是崇德小学。由惠安天主教禄若瑟教士于一九一五年创办（卞煜路教士又于一九一八年创办崇德女学，一九二五年天主教教育事业由华人自管，男校女校合并），培养教徒子女，历任校长有杨志修、陈大泽、陈贻谋、陈庆泉、陈法生等。解放后由人民政府登记接办为公立城北小学，校长戴炳辉。 基督教在城关以外的农村堂会或讲道所也相继创办一些小学。一八九二年崇武首创福音义学，一九二○年定名为崇化小学，聘贺兆奎专职主持学校，抗日战争时停办，一九四九年二月复办，初为幼儿园，后为初小，解放初期校长陈辉星，现在为西华幼儿园。山前讲道所一九一二年创设培仁小学，一九二六年前内堂会成立，该校归其管理，解放初期校长陈铁华，为现在小岞中心小学前身。此外还有山腰的普化小学（校长刘锡英），以后合并为山腰中心小学。净峰的钱山小学（校长庄莲馥），以后合并为净峰中心小学。东园的东化小学（校长黄德馨），一九五一年添办幼儿班，以后与溪山小学合并为东溪小学。洛阳的鲲化小学、涂岭的哲化小学，在解放前就停办或合并他校。值得一提的是鲲化小学校长何剑华，富有正义感，曾在《江声报》揭露军阀敲诈压迫人民的罪行，成为军阀驻惠营长张文魁的眼中钉，乘何校长外出之机，指使其手下跟踪，于一九二五年十月十四日黄昏在县口街行凶暗杀。何身中四弹，当场丧生。当时教会曾向各方鸣冤上诉，在反动统治社会里，何案以不了了之。 基督教惠安安息日会（国际组织全球总会设在美国），早期也在会堂内设置学塾，吸收教徒子女学习，选优到外地教会学校深造，培养不少人才，抗战期间中断。一九四七年复办儿童生活团，负责人陈宗志，但时间不长，一九五○年停办。 惠安教会学校开办初期，多数接受外资津贴，经过一些时期，一般均自筹经费，有的远在抗日前，有的在解放前就停止接受外资津贴。