鸦片战争之后，中国沦为半封建半殖民地社会，帝国主义者攫取中国海关管理权，建立外籍税务司管理制度，称为“洋关”。泉州关口不受外籍税务司管辖之列，称为“常关”，为闽海常关管理。对民船货载征税，分为进口正税、出口正税、复进口关税、耗银、梁头、杂捐等；对进出口外轮的征税，则分归厦门或福州，征收进口税或出口税。 泉州常关征收税目:有进口正税、出口正税、复进口(其他口岸)半税、梁头(即船料)。对商船漏税或匿报经查出者，则按例处罚之，此外还有杂欵等。 民国2年(1913)，泉州常关改称“泉州常税总局”，划为厦门关管理。下辖法石、秀涂、洛阳、獭窟、蚶江、陈埭、安海、深沪8处。民国4年，泉州所属各分局卡，实行“包商制”，对船只及货载由泉州常关监理，主要是办理登记出入口岸船舶，发放行船牌照、监管验放进出口货物。民国20年泉州常关总局改为厦门海关泉州分关，征收税费分为关税、代征税和规费3大类，同时对外贸易民船，逐步确立申报、查验、征税、放行的监管程序。 民国27年8月，由国民政府财政部核准:开放泉州港为临时通商口岸，闽南各县货物，改由泉州输出，以茶叶、瓷器、桂圆等为大宗。民国29年7月，晋江县祥芝古浮辟为通商口岸。8月中国茶叶公司在泉州设立闽南分公司，专营泉州、漳州两市茶叶的产制和运输。民国34年抗战胜利后，泉州海关更名晋江支关，下辖秀涂支所，均隶属厦门海关。直至民国38年7月10日，泉州海关才裁撤。 泉州解放后，省人民政府决定:开放晋江地区为对外贸易口岸，设立晋江支关及秀涂支所。1951年3月，晋江支关改称为泉州支关，开展货物管理、征收税费、查缉走私等工作。 1953年验查船舶时，以海关为主，办检站和港务局配合。对进口船舶的监管，采取驻船包干法，关员根据船方文件，进行核对和加封，并查阅船舶吨税执照，按期效在进口清单上签注。 1957年1月，由于军事需要，泉州支关停办，后渚港不允许外轮进入，货物监管业务终止，而转为陆上查私。泉州支关协助厦门总关开展海上缉私，取得显著成效。直至1980年1月1日，泉州支关正式复兴，停办长达23年。 1964年3月修防洪堤时，在南门海关遗址，出土清康熙五十五年九月所立的清海关《奉督抚两院示禁》的石碑，碑刻内容为揭露和取缔海关人员对客商横征和收礼的陋规。碑文明确规定:“关税县课，各照梁头五尺上下丈量验明，画一应归关者，量定尺寸报关给牌。至于修葺之船，既经完课应准修葺，一切补烙陋规，尤加痛除……渔船验仓，每只口索私礼一两六钱；商船出入挂号，每只索私礼九钱；棉花每包横抽私礼一分九厘；布匹横抽私礼三厘；小杉每根横抽私礼五厘；古纸每百斤横抽私礼五分二厘；黍豆油麻每百斤横加私礼一分；糖每担出入骗担银一分六厘。俱干法纪，均宜革除。” 1974年9月，后渚港开始建造3000吨级石油专用码头。是年经国务院批准:惠安崇武港为接待台湾船舶的港口。 1979年8月25日，泉州后渚港被定为出口货物的临时起运站。11月24日恢复泉州海关(支关)，隶属厦门海关。 1980年泉州恢复海关业务，凭许可证验放进出口货物，同时代征工商统一税。1984～1990年，共征收工商统一税1061.31万元，其中以药品和汽车配件为大宗。从1980年起，泉州关恢复凭许可证，验放进出口货物。 1983年1月1日，后渚港恢复对外轮开放。同时开征对台直接贸易调节税，凡从事经营台湾省产品的公司、企业或其他单位，皆为调节税的纳税义务人。对台湾的小额贸易(指直来直往的小商船、小渔船以货易货的形式)，每船进口货物金额在人民币5000元以下的免税；对优良种子、种畜和种苗，可免征调节税。 1984年7月，“泉州——香港”试行定期班轮运输，每月逢5日、10日由泉州和香港对口开运。 1985年3月，肖厝万吨级杂货码头动工兴建，1989年11月第一期工程竣工动行；同年，中央批准在肖厝港区建设福建炼油厂。 1987年3月，泉州海关对信誉较好、遵守政策法规的企业，都给予方便；对信誉不好的企业，则严加管理和控制。8月16日泉州至香港客轮开通，“鼓浪屿”号客轮，首次直航香港。 1989年，泉州海关会同经贸部门，对关区内的加工、贸易企业，进行一次系统的资信调查，审核出信誉较好、资信不明和信誉不良的三种企业，严格凭有关部门的批文核放，重点跟踪调查，并按规定予以处理。 泉州海关办公室，原设在南门富美宫西北侧，该地因此留下“海关口”地名。以后虽有变迁，但地点都在南门附近。到1990年12月，泉州海关迁到温陵南路东段新建的“海关大楼”。海关大楼分设办公楼、业务一科、业务二科、调查科、行政科、人事教育科等。在编人员97人(其中工人7人)，占地面积820M²、建筑面积4978M²、配套设施建筑面积2333M²，职工宿舍楼3幢，建筑面积6393M²。泉州海关辖区，包括泉属各县(市)。 1991-12-24日，肖厝港万吨级码头正式启用，“晴川”七号轮驶往日本大阪。 1994年3月15日，泉州至香港货轮正式开通。同年12月，肖厝海域10万吨级航道正式开通，中外海轮在肖厝港停泊、启航的日渐增多。随后，中外货运往来也更为方便了。 随着改革开放的不断深入，泉州海关的对外交通贸易也得到不断加强，并且坚决贯彻“促进为主”的方针，发挥宏观调控的职能，进出口货运大量增加，海关业务更呈现出新的局面。