意大利天主教方济各会派于元初从欧洲传入北京，元皇庆二年（1313年）在泉州设立一个主教区，终元世，在泉州传播了50多年。明万历三年（1575年），西班牙天主教会教士到泉州。清雍正年间，因教会不尊重中国传统文化而被禁绝。鸦片战争后，天主教再度传入泉州。
　　意大利方济各会会士约翰·孟德高维奴，受东罗马教皇尼古拉斯第四之派遣，往东传播天主教。元至元三十一年（1294年），在汗八里（北京）建立中国第一个主教区。元皇庆二年（1313年），在泉州建立主教区，日辣多为第一任主教。元延祐五年（1318年），哲拉德和贝来格理诺继任。时泉州城“雄壮华丽”的第一座大圣堂，是一位富有的亚美尼亚主太建造的。元至治二年（1322年），意大利方济各会会士鄂都立克同一位修士到泉州，他们看到泉州有两座教堂。同年，安德肋·贝鲁亚继任泉州主教，在他的任上又建造一座教堂，“堂中有办公室，足敷二十二僧之用。另有四室，皆可为教务上高官之行台。”元泰定三年（1326年），安德肋·贝鲁亚逝世。泉州主教区的继任人是意大利佛伦斯人哲姆斯和威廉·甘勃尼。元至正六年（1346年），欧洲大游历家马黎诺里到泉州，记述泉州有方济各会教堂三座。元至正十七年到至正二十六年(1357－1366年)，泉州发生“亦思巴奚兵乱”，战火弥漫泉州、惠安、莆田、福清和福州。其时张士诚、陈友谅、朱元璋、方国珍、陈友定等兵起，泉州天主教得不到元延资助，故哲姆斯主教离去。
　　明万历三年（1575年），西班牙天主教奥士定会士德·拉达大主教到达泉州，向兴泉道官尹要求允许居留和传教，但遭到拒绝。明天启五年（1625年），大学士叶向高邀请天主教艾儒略教士来福州，艾氏曾到泉州府城和永春县传教，吸收了数百名教徒。明崇祯八年（1635年），天主教教士聂伯多到泉州传教。至崇祯末年，因教会以尊重中国文化为前提的传教方式，得到泉州士大夫和下层群众的支持，教会发展很快。时泉州地区有13座天主教堂。据阳玛诺《唐景教碑颂正诠》载，明崇祯十一年（1638年），泉州城东郊、水陆寺、东湖畔等三处，各发现一方十字架石刻，分别移入“桃花堂”、“圣堂”保存，这表明那时泉州城内有天主教堂。
　　以“西来孔子”著称的艾儒略，尊重中国传统文化，得到福建士大夫的赞许，闽中流聚集福州与艾氏论道。《熙朝崇正集》收集闽中诸公赠艾氏之诗。据统计，赠诗的71人当中，有22位泉州的名流。他们是温陵（泉州的别称）的张瑞图、何乔远、张维枢、林当楫、庄际昌、周廷鑨、苏负英、郑之铉、郭 #$%&、黄鸣晋等10人；同安县的黄文炤池显方等2人；晋江县的蔡国锡、李文宽、陈维迭、李世英、许日升等5人；桃源县(永存)的郑璟、方尚来、潘师孔等3人；清源（泉州别称）的谢懋明和龙浔（德化县）的林燧。
　　张瑞图在诗里表明他对天主教学说的看法，认为天主教与孔孟之道是“相羽翼”、“互原委”的相辅互补关系。泉州举人张赓等人随艾氏为随行书记。张赓又为艾氏儒略《五十言余》、孟儒望《天文学略义》和龙华民《对若撒法行实》等西方天主教神父的神学著作校订和作序。此外，张赓还让自己的儿子张识至艾氏处，为艾氏的弟子执事。艾儒略又广泛接触社会下层的农、工、商，甚至异教的僧侣亦不排斥。
　　明永历三年（1649年），艾儒略逝世。西班牙多明我会教士控制福建传教事务，他们否定艾氏的传教方式，“禁止祭孔、祭祖先”。清康熙四十三年（1704年），罗马教廷通过特别通义，支持福建宗座主教颜珰提出的禁止中国教徒“用中国礼仪”。于是康熙皇帝下令驱逐颜珰出境。清雍正二年（1724年），雍正皇帝下谕，禁止传习天主教。自雍正至道光间的一百多年间，天主教被禁绝了。
　　鸦片战争后，中英签订了《南京条约》，西方传教把这个不平等条约看作“好像一朝出离幽冥，重睹青天”，天主教再次传入泉州。清同治五年（1866年），西班牙多明我会派教士由厦门到泉州传播天主教，因为受泉州民众的抵制，未能开展传教工作。清光绪九年（1883年），天主教福建教区分为福州和闽南(即厦门)两个教区。泉州属厦门教区管辖。光绪二十一年（1895年），西班牙多明我会遣教士斯拉宾·莫牙，自澳门抵漳州。光绪二十八年（1902年），厦门教区黎亚尔派莫牙（华名任道远）神父到泉州传教，住持泉州天主教堂，发展教徒黄廷标等人。时教堂在城内奎霞巷。莫牙神父擅长建筑设计，自己设计哥特式教学一座，在教徒陈光纯的捐资支持下，教堂坐落于花巷许厝埕，至今犹存。
　　泉州的旅菲华侨很多，其中有不少是天主教徒，他们热爱教会事业。如著名的陈光纯、洪明炭等人，以财力襄助教会。民国11年（1922年），莫牙神父为发展教会事来，倡议在泉州举办天主教会学校。陈光纯奉献自己的大部分居屋作为天主教会启明女子校舍，并承担全部办学的经费。莫牙祖父兼任校长。陈光纯长女陈慈义任教务长和总务长，陈氏第三女陈淑美、四女陈淑玑，亦在学校任教。还有其他教员20多人，师资力量较强，如龚念平、伍乔年、吴藻汀、张仰薇等人教学质量较高。启明女子完全小学，后又扩大办师范班，增设初中部，创国文专修院等。吸引了厦门、漳州、晋江和南安的天主教徒的子女上学。此外，本世纪20至40，晋江的青阳、石狮和永春等地，都有西班牙多明我会教士的活动。
　　抗日战争期间，泉州的天主教与外国教会失去联系，仅靠教徒捐献难以维持。于是把花巷许厝埕教堂出租给纺纱厂，教堂搬迁至许厝埕原启明女子学校的二楼，三楼由民国政府法院租用。抗战胜利后，收回教堂。民国34年（1945年），莫牙神父病逝，葬许厝埕教堂里。西班牙多明我会派教士安抚民继任。泉州天主教会参加控诉美帝国主义侵略朝鲜罪行和捐款支援抗美援朝活动。“文化大革命”期间，泉州天主教会停止活动。1983年，泉州天主教堂获准开放，并恢复宗教活动。1986年夏，泉州天主教组织朝圣团到上海佘山参加盛大朝圣活动。1990年5月，派代表参加福建天主教爱国会代表会议。1992年夏，发动教徒捐款，救济闽北受洪水灾害的教徒。